Ο τύπος οργανωτικής δομής που μια επιχείρηση επιλέγει να χρησιμοποιήσει θα επηρεάσει τις σχέσεις των εργαζομένων, την εξυπηρέτηση πελατών και τις επιχειρηματικές σχέσεις. Ο σκοπός της οργανικής οργανωτικής δομής είναι να παρέχει ευελιξία για αλλαγή που μπορεί να ξεκινήσει από τους εργαζόμενους. Ένα ενιαίο οργανωτικό μοντέλο που περιορίζει το μέγεθος της ιεραρχίας σε έναν οργανισμό, είναι χτισμένο γύρω από τις σκέψεις, τις ανάγκες και τα σχόλια των εργαζομένων ή των εργαζομένων. Ενώ μια οργανική οργανωτική δομή ενθαρρύνει τη δημοκρατία στον εργασιακό χώρο, παρουσιάζει μειονεκτήματα που πρέπει να εξεταστούν.
Χωρίς όρια
Τα μέλη της οργάνωσης καθορίζουν τα όρια μιας οργανικής οργανωτικής δομής. Αυτό σημαίνει ότι οι κανόνες, τα όρια και τα πρότυπα μπορούν να αλλάζουν συνεχώς ανάλογα με την επιρροή των μελών της ομάδας. Αυτό μπορεί να λειτουργήσει καλά σε ορισμένους οργανισμούς, αλλά θα μπορούσε να οδηγήσει σε απληστία και εγωιστικά κίνητρα αντί για εταιρική ευθύνη. Η έλλειψη ορίων μπορεί επίσης να επηρεάσει τις πελατειακές σχέσεις εάν ένας πελάτης λάβει διάφορες απαντήσεις στην ίδια ερώτηση.
Μη παραγωγικές οδηγίες
Όταν η ηγεσία δίνει οδηγίες, οι οδηγίες αυτές μπορούν να γίνουν αντιπαραγωγικές λόγω έλλειψης κινήτρων. Για παράδειγμα, αν εφαρμόστηκε μια οργανική οργανωτική δομή σε μια τοπική υπηρεσία επιβολής του νόμου, δεν θα υπήρχε η ανάγκη επείγουσας και άμεσης κατεύθυνσης. Σε αυτήν την περίπτωση, απαιτείται μια πιο έγκυρη οργανωτική δομή, όταν οι υφιστάμενοι ανταποκρίνονται άμεσα στις παραγγελίες.
Ανεπαρκής Ηγεσία
Εάν η δύναμη βρίσκεται στα χέρια του εργαζομένου, μπορεί να οδηγήσει σε αναποτελεσματική ηγεσία. Για παράδειγμα, εάν οι εργαζόμενοι συνηθίσουν να κυβερνούν και τότε ο ηγέτης προσπαθεί να εφαρμόσει την αλλαγή, οι εργαζόμενοι μπορεί να μην ανταποκριθούν στην κατεύθυνση επειδή αντιλαμβάνονται τον εαυτό τους ως ηγεσία. Η ηγεσία σε μια οργανική οργανωτική δομή πρέπει να παραμείνει ορισμένη και να συμμετέχει ενεργά στη διαδικασία λήψης αποφάσεων και επιβολής πολιτικής. Μια οργανική οργανωτική δομή μπορεί επίσης να απομακρύνει την ανώτερη διοίκηση από τις καθημερινές υποθέσεις της επιχείρησης.
Επικοινωνιακά εμπόδια
Μια οργανική οργανωτική δομή μπορεί να δημιουργήσει εμπόδια επικοινωνίας μεταξύ των τμημάτων. Επειδή τα τμήματα είναι αυτοδιοικούμενα, μπορεί εύκολα να προκύψουν συγκρούσεις μεταξύ δύο τμημάτων που δεν βλέπουν τα πράγματα με τον ίδιο τρόπο. Ένα άλλο εμπόδιο επικοινωνίας είναι η έλλειψη ορισμού. Εάν κάθε τμήμα ορίζει διαφορετικές πολιτικές διαφορετικά, ένα τμήμα μπορεί να μην καταλάβει το μήνυμα που αποστέλλει ένα άλλο τμήμα.